Zametki opatije segajo v 6. – 7- stoletje, ko je bil na otoku z imenom Insula Pomposia, poraščenem z gozdovi. obdanem z dvema rečnima rokavoma in zaščitenim pred morjem, zgrajen benediktinski samostan. Po izteku prvega tisočletja je samostan doživel največji razcvet, saj je postal pomembno samostansko središče, posvečeno molitvam in delu, katerega ugled in bogastvo v veliki meri pripisujejo opatu sv. Gvida. V pompoški samostan so prihajale številne znamenite osebnosti tistega časa, med njimi tudi Guido d’Arezzo, menih, ki je izumil notni zapis v obliki oktav. Ljubitelji glasbe bodo navdušeni nad ciklusom fresk v baziliki sv. Marije, ki štejejo za najbolj dragocene v pokrajini in so nastale po Giottovem navdihu. Cerkev krasi tudi čudovit mozaični tlak z intarzijami iz dragocenega marmorja iz obdobja med 6. in 7. stoletjem.